Причиной смерти стала тромбоэмболия — оторвавшийся тромб. Ее уход стал неожиданностью для коллег: по словам художественного руководителя театра «Ромэн» Николая Сергиенко, актриса шла на поправку, а ее состояние стабилизировалось.
В одном из последних интервью aif.ru Екатерина Андреевна вспоминала о своей жизни с супругом — режиссером Георгием Николаевичем Жемчужным, которого ласково называла «Гагуленькой».
Она рассказала, как сбежала из дома к будущему мужу: «Ой, у меня с Гагуленькой не было пышной свадьбы. Мы же учились еще. Просто сбежали вместе, но Гагуля знал, что я девушка. Простынь он сохранил, вы можете себе представить? Заинька, мой умничка».
Особое место в этом интервью заняла тема национальности. Актриса, которая в юности стеснялась своей принадлежности к цыганам и плакала, когда увидела в паспорте запись «цыганка», в последние годы жизни кардинально пересмотрела свое отношение. Она гордо заявляла:
«Я считаю, что наши, русские цыгане, самые замечательные. Они имеют менталитет, тесно переплетенный с русской культурой».
С Георгием Жемчужным они прожили вместе почти 60 лет. В 1969 году у них родилась дочь Ляля, которая пошла по стопам родителей и стала актрисой. Супруг актрисы ушел из жизни в 2021 году, и Екатерина Андреевна тяжело переживала эту утрату.
В последнем интервью она признавалась, что до сих пор чувствует его присутствие рядом.
Екатерину Жемчужную похоронят на Ваганьковском кладбище в Москве — там, где покоится ее супруг.